そんなときにはTime::HiResがおすすめ。簡単にミリ秒で取得できます。

use Time::HiRes qw( usleep ualarm gettimeofday tv_interval );
my @before = gettimeofday();
&method1();
my @after = gettimeofday();
my $elapsed = tv_interval(\@before, \@after);

↑のやり方で、&method1()の実行にかかった時間が取得できます。楽ちん楽ちん。